Mạc Đôn Nhượng được phong tước Ứng vương (應王). Trong thời gian Mạc Kính Điển làm phụ chính cho Mạc Tuyên Tông và Mạc Mậu Hợp, Mạc Đôn Nhượng chưa có vai trò lớn. Từ năm 1580, Mạc Kính Điển qua đời, Ứng vương Mạc Đôn Nhượng được giao làm phụ chính cho Mạc Mậu Hợp.

Nhân sự nhà Mạc lúc đó không còn nhiều người giỏi. Mạc Đôn Nhượng chủ yếu dựa vào 2 lão tướng Nguyễn Quyện và Mạc Ngọc Liễn. Mặt khác, Mạc Mậu Hợp trong nhiều năm không quan tâm tới chính sự khiến nhiều đại thần tài năng từ quan về hưu, ngày càng ít nhân tài giúp triều đình.

Mùa thu năm 1581, Mạc Đôn Nhượng cùng Nguyễn Quyện và Mạc Ngọc Liễn đi đánh các huyện ven sông ở Thanh Hóa. Ông đem quân vượt biển vào đến huyện Quảng Xương, đóng quân ở núi Đường Nang. Trịnh Tùng sai Hoàng Đình Ái thống lĩnh các tướng tiến quân chống giữ. Đình Ái chia thành ba đạo, cùng Nguyễn Hữu Liêu, Trịnh Bính, Hà Thọ Lộc làm tả đội chống quân Nguyễn Quyện, còn Trịnh Văn Hải chống quân Mạc Ngọc Liễn.

Hai bên đánh nhau to. Quân Lê chém hơn 600 quân Mạc, bắt sống tướng Mạc là Nguyễn Công và Phù Bang hầu. Quân Mạc đại bại, tan vỡ tháo chạy. Mạc Đôn Nhượng và tướng sĩ thu nhặt tàn quân về Thăng Long[2][3].

Liên tiếp trong mấy năm sau, các tướng nhà Mạc giao tranh với quân Nam triều đều bất lợi, bị tổn thất lực lượng. Năm 1589, Mạc Đôn Nhượng thống suất quân bốn trấn, định ngày cùng tiến đến Yên Mô, hẹn giao chiến với quân Nam triều.

Trịnh Tùng sai Nguyễn Hữu Liêu đem 15.000 quân tinh nhuệ và 200 thiết kỵ, đi ngầm trong đêm tối tới vùng chân núi tìm các hang động, khe suối và những nơi có lau sậy mà mai phục để đợi quân Mạc; Trịnh Đỗ, Trịnh Đồng, Trịnh Ninh đem quân chặn hậu; Ngô Cảnh Hựu đem quân chở lương thực, thu nhặt rút trước vào núi Tam Điệp để lừa quân Mạc tưởng là lui quân về.

Mạc Đôn Nhượng không biết kế lừa, nhân có nhiều quân bèn thúc tiến đánh. Đến chỗ hiểm ở núi Tam Điệp, Trịnh Tùng tung đại quân đánh ra, chém được hơn 1.000 quân Mạc, bắt sống được hơn 600 người. Quân Mạc tan vỡ chạy về Thăng Long[2][3]. Trịnh Tùng không đuổi theo mà rút quân về Thanh Hóa.

Giáp tết âm lịch năm 1592, Trịnh Tùng mở cuộc tấn công quy mô ra bắc, đánh bại quân Mạc. Mạc Mậu Hợp thua trận rút khỏi Thăng Long, nhưng Trịnh Tùng cũng thấy chưa đủ khả năng đánh chiếm miền Bắc nên lại rút về Thanh Hóa.